Я вижу единственный вариант:
1) определить "пироги" полов. Получите все толщины по помещениям.
2) Выбираете максимальную толщину (как правило, это паркетные полы, или полы с коммуникациями). Понятно, что под один уровень остальные типы полов (скажем, плиточные) будете подгонять стяжкой.
3) Пробиваете этот максимальный уровень по всем помещениям (если перекрытие неровное, то может добавиться/убавиться пара-тройка сантимов стяжки в каком-то помещении). Это получается чистовая отметка этажа. От нее и делаете потом все полы, двери, бра, радиаторы и т.п.
4) Не забудте все это увязать с лестницей, чтобы потом не получили разные первые или последние ступеньки - некрасиво и неудобно. Это сложно, но реально.